Профессор - с 1988 г. , доктор физико-математических наук - с 1986 г.
В 1986-1999 гг. - заведующий кафедрой автоматизации физико-технических исследований Новосибирского государственного университета (НГУ). Под его руководством на физическом факультете НГУ была создана замкнутая система подготовки специалистов в области компьютерных технологий и разработан тематический ряд методических изданий и пособий.
В 1969-1996 гг. - младший научный сотрудник, старший и ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией ряда научно-исследовательских институтов Сибирского отделения Российской Академии наук (Новосибирский Академгородок).
Он - автор более 100 научных трудов и изобретений в области физики плазмы и нелинейных явлений, в области обучения современным информационным технологиям.
В 1993-1995 гг. под руководством С.Л.Мушера был выполнен крупный проект по созданию сети Интернет Новосибирского научного центра, который совместно финансировался Международным научным фондом (фондом Сороса) и Сибирским отделением Российской Академии наук (РАН). В 1994-1996 гг. - руководил проектом "Новые регионы - новые пользователи" по присоединению школ, больниц, библиотек г.Новосибирска к сети Интернет (совместный проект Фонда Сороса, Администрации Новосибирской области, Европейской Комиссии и Российского фонда фундаментальных исследований). Созданная в результате реализации этих проектов "Сеть Интернет Новосибирского научного центра" является самой крупной региональной некоммерческой сетью.
В 1997-2000 гг. - директор совместной мегапрограммы "Интернет" фонда Сороса и Правительства Российской Федерации (стоимость программы - 130 млн. долл.). В рамках этой программы были открыты 33 Университетских Интернет-центра от Калининграда до Владивостока, которые успешно функционируют и по сей день. Через эти центры были подключены к Интернету более 2000 некоммерческих орнанизаций - библиотек, школ, больниц, вузов, исследовательских институтов и др. Благодаря реализации этой программы доступ к Интернету получили около миллиона человек. Программа создания массового открытого доступа к ресурсам сети Интернет студентов и преподавателей ведущих классических университетов России, региональной интеллигенции признана самой удачной из совместных программ Правительства Российской Федерации и фонда Сороса.
В июле 2000 года после завершения программы "Интернет" фонда Сороса и Правительства РФ С.Л. Мушер был приглашен в Федерацию Интернет Образования в качестве директора Интернет-программ для практической реализации крупномасштабного проекта "Поколение.ru" Нефтяной компании ЮКОС. Цель проекта: массовое обучение Интернет-технологиям учителей и администраторов системы среднего образования. С.Л.Мушер отвечает за создание и поддержку центров Интернет-образования; под его руководством был разработан конвейерный подход к реализации образовательных проектов, который позволяет открывать 12 региональных центров в год и обучать не менее 1000 слушателей в год в каждом центре. Региональные центры ФИО по методическому и техническому обеспечению соответствуют мировому уровню требований к учебным центрам в области информационных и телекоммуникационных технологий. Всего должно быть открыто 50 центров по всей стране; на сегодняшний день уже открыто 43 центра и обучено более 120 000 слушателей. С 2000 по 2005 год в центрах Федерации Интернет Образования пройдет обучение четверть миллиона учителей.
Избран Российской Академией Интернет "Человеком года" в марте 2002 г. Лауреат высшей награды Министерства образования РФ - медали К.Д.Ушинского (апрель 2002 г.). Лауреат премии Президента РФ в области образования (в составе авторского коллектива √ за реализацию проекта ╚Поколение.ru) за 2003 г.
